Los principales puertos son Puerto Sandino, Corintos, El Bluff y Puerto Cabezas, allí llegan barcos procedentes de otros países de América y de Europa.

Al Puerto de San Juan del Sur desembarcan cruceros procedentes de distintos países de Europa y Estados Unidos. Existe un nuevo ferry que hace el recorrido de San Jorge hacia Moyogalpa, Isla de Ometepe. Se puede navegar por el lago Nicaragua, hay un servicio diario entre Granada y San Carlos y se pueden visitar las islas del Lago.